失落的方舟暗影塔，也就是暗影之塔，位于游戏内各大主城区域，玩家可在任意大陆的主城找到名为高塔的建筑进行互动进入，这是一处纯单人挑战的爬塔玩法，无需组队，也没有额外的入场门票消耗。
暗影塔的外观是一座高耸的黑色石塔，建筑辨识度极高，通常会与魔方、BossRush等玩法设施相邻，在地图上会显示为带有翅膀的方框图标。如果在主城场景中难以定位，可直接打开右上角地图搜索栏，输入高塔即可快速锁定位置，靠近后按G键就能开启挑战界面，在界面左侧选择暗影之塔，右侧可选择已通关的层数直接跳转挑战。进入暗影塔有装等门槛，最低起始装等要求为302，20层建议装等达到420，顶层50层则需要装等至少540才能解锁挑战。
暗影塔总计50层，每层都有独立的通关条件与机制，整体分为清怪关、生存关、BOSS关与机关关四类，部分层数会混合多种机制。低层以简单清怪与基础BOSS为主，比如前10层多为清理小怪或击败单个低难度BOSS，第十层会出现多波怪物与双BOSS组合，需要把控聚怪节奏与觉醒技能释放时机。中层开始难度逐步提升，24层需要击败特定怪物收集影子印记，48层则是核心难点关卡，进入后会被施加持续沉默，无法释放任何技能，只能依靠万能药水短暂解除状态输出，或用燃烧瓶、破坏炸弹等道具持续伤害，全程依赖走位规避精英怪攻击。
挑战暗影塔时，道具准备直接影响通关效率，必备战斗恢复药剂、保护药水应对突发伤害，黑暗手榴弹可辅助增伤破防。账号首个角色通关每层可获取首通专属奖励，包括技能点药水、高级刻印书与稀有材料，20层与50层各能获得一瓶技能点药水，是角色成长的关键道具。后续角色重复挑战则会产出大量装备强化材料，适合小号快速提升装等，每层挑战都有时间限制，超时会直接判定失败，需要在规定时间内完成对应目标。
高层BOSS战更考验机制应对，50层BOSS半血前可通过地面预警躲避扇形冲击波、直线死亡冲击波等技能，半血后场地会被黑暗覆盖，预警区域消失，需观察BOSS动作预判技能，比如佛怒技能会分炸内圈与外圈两种模式，及时切换安全区域输出。全程要避免贪输出，在BOSS技能间隙打伤害，灵活使用护盾与恢复道具维持血线，熟悉每层机制后反复练习，就能稳步通关拿到全部奖励。
